播种：将种子点在压好穴的盘中，每穴一粒，避免漏播，育苗盘，发芽率偏低的种子每穴播2粒。
覆盖基质：播种后用蛭石覆盖穴盘，方法是将蛭石倒在穴盘上，用刮板从穴盘的一方刮向另一方，去掉多余的蛭石，覆盖蛭石不要过厚，多肉育苗盘，与格室相平为宜。
用穴盘育苗种苗起苗移栽简捷、方便，不损伤根系，蔬菜育苗盘，定植成活率高，缓苗 期短。
穴盘苗便于存放，运输。
播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；
避免挤压基质，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，种子会反弹，导致种子终发芽时深浅不一。
节省育苗场地和降低成本。用穴盘播种，让小苗在穴盘里生长，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；在育苗盘里播种这样开始占地少，尤其适于在早春温度低时培育小苗，外界温度升高后再移入其他保护地培育成苗，可减少加温费用。
底部无孔的可以用作化蛹盘，可孵化蚕蛹、蛋白虫等。
培育生长量较小的苗用穴盘，培育生长量较大的苗用育苗钵或在苗床开沟培育。
可大批量育苗，又可节省劳力。
穴孔形状以四方倒梯形为宜，这样有利于引导根系向下伸展，而不是象圆形或侧面垂直的穴孔中那样根系在内壁缠绕。较深的穴孔为基质的排水和透气提供了更有利的条件。
各穴孔填充程度要均匀一致，否则基较少的穴孔干燥的速度比较快，从而使水分管理不均衡
避免挤压基质，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，种子会反弹，导致种子终发芽时深浅不一。
底部无孔的可以用作化蛹盘，可孵化蚕蛹、蛋白虫、面包虫、黄粉虫等。
在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
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