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单核苷酸多态性( snp )实验

snp (single nucleotide polymorphisn即单核苷酸多态性 ,是由于单个核苷酸改变而导致的-序列多态性(polymorphism)。标准的生物信息学分析能够得到mrna、lncrna、circrna、mirna各自的研究内容，靶向调控网络、cerna网络、共表达网络分析可以将这几种rna联合起来分析，从而发现新的调控网络模型。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个snp ,无论是比较于度多态性(rflp)分析还是微标记(str) ,都要广泛得多。

实验方法原理:

snp (single nucleotide polymorphisn即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的-序列多态性(polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个snp ,无论是比较于---性段长度多态性(rflp)分析还是微标记(str) ,都要广泛得多。腺相关---具有gan染温和,免yi原性小,长效稳定表达的特点,主要应用于动物体内注射。snp是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个snp位点。-般认为,相邻的snps倾向于一起遗传给后代。 于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的snp等位位点称作单体型( haplotype b大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。-个染色体区域可以有很多snp位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签snps(tagsnp)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。

◆　hplc

如果合成的寡核苷酸应用于，定向诱变或定量的基因探测，那么对其纯度要求较高。脱盐或opc纯化的寡核苷酸可能达不到要求，则hplc纯化被广泛地用于这个目的。如测序序列已知，可通过序列比较以星号标出差异碱基处，提高工作效率。作为一种纯化树脂，阴离子交换树脂或反向树脂被用于寡核苷酸纯化。阴离子交换树脂的hplc通常显示95-98%纯化效率，对于达到35-mer寡核苷酸的纯化是充分的。反向树脂化的hplc与阴离子交换树脂的hplc呈现相似的纯化效率。因为hplc的纯化效率很大程度依靠寡核苷酸的长度，用hplc法不能有效纯化长的寡核苷酸大于35-mer)。

◆　page

对于长的寡核苷酸的纯化50-100mer，我们page纯化法，它使用交连的聚---凝胶(电泳)作为纯化基质。于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的snp等位位点称作单体型(haplotypeb大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。尽管page显示出高的纯化效率＞98%，但它在额外的步骤方面有一些缺陷，比如在page之后需要提取和脱盐，继而将导致纯化产率的下降。

18.引物是经过page纯化的，为什么还有碱基缺失或插入？

答：理论---析型page变性电泳，可以区分引物之间一个碱基的差别。-个染色体区域可以有很多snp位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签snps(tagsnp)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。但是制备page电泳，上样量都是非常大，电泳时的条带非常宽，带与带之间有重叠，分辨率已下降，电泳后割带回收目的引物时，很难说不割到差别仅几个碱基的引物。国内有一个不好的现象，page纯化的引物，---是长引物要的量都比较高，导致割的条带有时可能比较宽。建议：您如果减少od数，引物遇到的问题可能就会少一些。

19. taqman 探针设计的基本原则是什么？

答：下列原则供您参考。

◆taqman 探针位置尽可能靠近扩增引物扩增产物50-150bp，但不能与引物重叠。

◆长度一般为18-40mer 。

◆g-c含量控制在40-80%左右。

◆避免连续相同碱基的出现，---是要避免gggg或更多g出现。

◆在引物的5端避免使用g。

◆选用比较多的碱基c。

◆退火温度tm控制在 68-70c   左右。

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