育苗穴盘的颜色会影响植物根部的温度。白色反光性较好，多用于夏季和秋季提早育苗，以利反射光线，减少小苗根部热量积聚。而冬季和春季选择黑色育苗盘，因其吸光性好，对小苗根系发青有利。
播种：将种子点在压好穴的盘中，每穴一粒，白菜育苗盘，避免漏播，发芽率偏低的种子每穴播2粒。
基质土装盘时应注意不要用---紧，因为压紧后，基质的物理性状受到了破环，育苗盘，使基质中空气含量和可吸收水的含量减少，正确方法是用刮板从穴盘的一方刮向另一方
穴盘育苗的秧苗，其根坨呈上大下小的四棱锥体，故又称为“塞子苗”，采用穴盘育苗培育的秧苗具有苗龄短、幼苗整齐、健壮、无病虫害、定植后还苗快等优点。利用穴盘可集中育苗、统一管理，育苗时期不受环境---，既可大批量育苗，又可节省劳力。
桉树苗育苗使用育苗盘出苗整齐，节省种子，成活率高，辣椒育苗盘，移栽方便。
使用穴盘苗的优点:
(1)节省种子用量，降低生产成本。
(2)出苗整齐，保持植物种苗生长的一致性。
(3)能与各种手动及自动播种机配套使用，芽菜育苗盘，便于集中管理，提高工作效率。
(4)移栽时不损伤根系，缓苗迅速，成活率高。
穴盘的颜色也影响着植株根部的温度。一般冬春季选择黑色穴盘，因为可以吸收更多的太阳能，使根部温度增加。而夏季或初秋，就要改为银灰色的穴盘，以反射较多的光线，避免根部温度过高。而白色穴盘一般透光率较高，会影响根系生长，所以很少选择白色穴盘。当然白色的泡沫穴盘可以例外。
经过清洗并消毒的穴盘，亦可以重复使用，使用较为安全的季铵盐类消毒剂，也可以用于灌溉系统的杀菌除藻，避免其中---和青苔滋生。不建议用漂或进行消毒，因为氯会同穴盘中的塑料发生化学反应产生有毒的物质。
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