全转录组测序
全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和，包括mrna和各种noncoding rna。我们知道生物体本身的转录过程是一个动态变化且十分复杂的分子作用网络，如果只是对某个单一rna分子的研究，pcr检测，有时并不能准确的发现分子作用机制。而竞争性内源rna(cerna)理论阐述了一种全新的转录调控模式：cerna包括lncrna、circrna、mrna、假基因等分子能够通过mirna应答元件microrna respe element， mre竞争性地结合相同的mirna来调节彼此的表达水平。举个例子：mirna会导致基因沉默现象发生，而如果lncrna竞争性结合了mirna，商洛pcr，从而影响了mirna基因沉默功能实现。
cerna是目前转录调控领域的---内容之一，通过全转录组研究能够系统性的阐述cerna的分子作用机制。目前对全转录组简便的方法就是构建2个测序-分别进行测序。标准的生物信息学分析能够得到mrna、lncrna、circrna、mirna各自的研究内容，靶向调控网络、cerna网络、共表达网络分析可以将这几种rna联合起来分析，从而发现新的调控网络模型。去除rrna的链特----，含有的rna信息含量十分丰富，实时荧光定量pcr，通过测序和生物信息学分析能够得到mrna、lncrna、circrna的鉴定及注释信息。不过该-构建时会进行片段化选择从而滤掉了small rna的信息，所以需要另外再构建一个small rna-，进行测序分析后可以得到mirna和其他small rna的鉴定及注释信息。全转录组测序方案路线图如下所示：
lncrna芯片
long non-coding rnaslncrnas是一类转录本长度超过200 nt的功能性非编码rna分子。目前的研究已证实，lncrna参与x染色体沉默，基因组印记以及染色质修饰，转录ji活，转录干扰，核内运输等多种重要调控过程。随着对lncrna在哺乳动物进化及人类---发生和发展中作用的日益关注，lncrna调控机制已成为当前遗传学研究的---问题。
筛选出差异表达的lncrna是研究其在人类---发生中所扮演角色的基础。富衡生物为用户提供高通量的lncrna芯片进行lncrna表达谱分析，该芯片基于agilent的sureprint技术生产，实验。
技术优势
信息覆盖广泛：覆盖了多个quan威lncrna数据库发布的数据；提供人，小鼠，大鼠的lncrna检测。
lncrna和mrna同时检测：芯片上包含有的lncrna和新的mrna序列检测探针。一次芯片实验可同时对lncrna和mrna进行分析。
平台成熟---：采用agilent原位喷墨合成技术，了高检测灵敏度和特---。
数据分析：提供lncrna和mrna表达谱差异分析和功能分析，以及二者的关联分析。
分子实验介绍——荧光定量pcr检测
荧光定量pcr是检测生物样品中rna含量的普遍的方法，通过荧光染料或荧光标记的特---的探针，对pcr产物进行标记---，实时在线监控反应过程，结合相应的软件可以对产物进行分析，计算待测样品模板的初始浓度。目前主要使用sybr green和taqman法对rna含量进行检测。sybr green在低样本量时成本较低，目前选用的较多。
sybr green i是一种只与dna双链结合的荧光染料。当它与dna双链结合时，发出荧光；从dna双链上释放出来时，---多少钱，荧光信号急剧减弱。因此，在一个体系内，其信号强度代表了双链dna分子的数量。sybr green荧光染料-量pcr的基本过程是：1、开始反应，当sybr green染料与dna双链结合时发出荧光。2、dna变性时，sybr green染料释放出来，荧光急剧减少。3、在聚合延伸过程中，引物退火并形成pcr产物。4、聚合完成后，sybr green染料与双链产物结合，定量pcr系统检测到荧光的净增量加大。
实验流程：细胞或组织rna提取-rna浓度检测-rna逆转录-定量pcr检测。
结果示例：
图 a 基因扩增曲线图；b 基因扩增溶解曲线图；c mrna相对表达量变化
从图中可以扩增曲线可以看出目的rna扩增效果，溶解曲线可以看出引物识别特---情况，通过使用δδct方法计算可以得到每个组中目的mrna表达变化。
|
登录后台
