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southern杂交

实验原理

      southern印迹杂交southern blot是1975年由英-southern创建,是研究dna图谱的基本技术。southern印迹杂交是进行基因组dna特定序列定位的通用方法。一般利用琼脂糖凝胶电泳分离经-性内切酶-的dnal片段,将胶上的dna变性并在原位将单链dnal片段转移至尼龙膜或其他固相支持物上,经干烤或者紫外线照射固定,河北pcr,再与相对应结构的标记探针进行杂交,用放l射自显影或酶反应显色,从而检测特定dna分子的含量。








动物组织细胞基因组dna提取

操作步骤

1. 取新鲜或冰冻动物组织块0.1g0.5cm3,尽量剪碎。置于玻璃匀浆器中,加入1ml的细胞裂解缓冲液匀浆至不见组织块,-怎么做,转入1.5ml 离心管中,加入蛋白酶k

500ug/ml20μl,混匀。在65℃恒温水浴锅中水浴30min,也可转入37℃水浴12~24h,间歇振荡离心管数次。于台式离心机以12000 rpm离心5min,取上清液入另

一离心管中。

2.加2倍体积异,倒转混匀后,可以看见丝状物,用100ul 吸头挑出,凉干,用200ul te 重新溶解。可进行pcr反应等,需要进一步纯化的按下列步骤进行

3.加等量的酚??振荡混匀,离心12000 rpm,实时荧光定量pcr,5min。

4.取上层溶液至另一管,加入等体积的?,振荡混匀,离心12000 rpm,5min。

5. 取上层溶液至另一管,加入1/2体积的7.5mol/l氨加入2倍体积的无水-,混匀后室温沉淀2min ,离心12000 rpm ,10min。

6.小心倒掉上清液,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉。

7.用1ml 70%-洗涤沉淀物1次,离心12000 rpm ,-, 5min。

8.小心倒掉上清液,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉,室温干燥。

9.加200ul te重新溶解沉淀物,然后置于4℃或?c20℃保存备用。

10.吸取适量样品于genequant上检测浓度和纯度。






单细胞rna测序

单细胞rna测序也称scrna-seq。通常而言,一般的组织细胞rna-seq实验会产生1000万个读数,如果一个基因的频率超过50rpkm,即每百万读数中每千个碱基中超过50个,这一基因即被认为有表达。泊松分布下,1kb长的基因有超过500个读数和4%的小变异系数,即cv值;哺乳动物细胞通产含有200,000个mrna,因此至少要用50个单细胞一起才能到达小cv值;考虑到逆转录的效率和环境干扰等因素,为得到准确的表达和细胞种类的识别,需要使用的细胞数量实际要更多。





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