线粒体测序
线粒体是真核生物的重要细胞器,是生物体的能量工厂,参与能量代谢、信号转导、细胞凋亡等许多生命活动,对生物的生理活动起着---的作用。大部分线粒体基因由于其母系遗传特性以及进化速率较快等特点,被广泛地用于种群遗传学、进化生物学、谱系地理学和系统发育学、---诊断等学科领域。线粒体全基因组在生物进化的研究中具有---的优势。由于线粒体有着与真核生物长期共生的进化历史,因此其基因组包含了反映物种进化的关键信息,同时,相对于核基因组,线粒体基因组小,pcr实验室,容易对大量物种进行横向的比较分析,有利于生物进化的研究,因而受到进化生物学家的---。线粒体的组成可以从两个层面上反映物种及群体的遗传和进化,即-序列组成和基因组的结构特征,两者的特征具有不同的进化机制和进化速度,在进化生物学研究中可以---的互补。
甲l基化特---的pcr
herman 等 1996 在使用重---酸盐处理的基础上新建的一种方法。该方法敏感性高,主要用于作定性研究。用------盐处理基因组dna,pcr检测,所有未发生jia基化的胞嘧定被转化为尿嘧ding,而jia基化的胞嘧定不变;随后设计针对jia基化和非jia基化序列的引物进行pcr。通过电泳检测msp扩增产物,如果用针对处理后jia基化dna链的引物能得到扩增片段,则说明该位点存在jia基化;反之,说明被检测的位点不存在jia基化。
特点:适用范围广,能够检测特异位点是否发生jia基化。
------盐测序法bisulfite sequencing pcr,bsp
------盐修饰后测序法 bsp frommer 等 1992 提出的研究 dna jia基化方法,此方法---性及jing确度高,能明确目的片段中每一个 cpg 位点的jia基化状态。用------盐处理基因组dna,所有未发生jia基化的胞嘧ding被转化为尿嘧ding,而jia基化的胞嘧ding不变。随后设计bsp引物进行pcr,fish检测,在扩增过程中尿嘧定全部转化为胸腺嘧定,zui后对pcr产物进行测序就可以判断cpg位点是否发生jia基化,称为bsp-直接测序法。将pcr产物克long至载体后进行测序,可以提高测序成功率,这种方法称为bsp-ke隆测序法。
特点:jing确度高,能够准确检测出jia基化的程度百分比。
mirna测序
microrna(mirna)是一种大小约21—23个碱基的单链小分子rna,铜川pcr,是由具有发夹结构的约70-90个碱基大小的单链rna前体经过dicer酶加工后生成,不同于sirna双链但是和sirna密切相关。microrna通过和靶基因mrna碱基配对引导沉默复合体risc降解mrna或抑制mrna的翻译,从而在转录后水平调控蛋白表达新发现mirna也能在转录水平调控基因表达。mirna在物种进化中相当保守,在动物、植物和---等中发现的mirna表达均有严格的组织特---和时序性。mirna在细胞生长和发育过程中起多种作用,包括调控发育、分化、凋亡和增殖等。
目前研究mirna的方法主要是realtime-pcr、生物芯片技术以及第二代测序技术。基于第二代测序技术的mirna测序,可以一次获得数百万条mirna序列,能够快速鉴定出不同组织、不同发育阶段、不同---状态下已知和未知的mirna及其表达差异,为研究mirna对细胞进程的作用及其生物学影响提供了有力工具。
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