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水里还含有一些蛋白质分离器无法分解的物质，循环水养殖系统，包括蛋白质，如血浆蛋白，以及-酸中某些蛋白素成分。一般情况下，蛋白质分离器只能去除30%至50%。蛋白质分离器越活跃，它需要的能量就越多。
通过能量输入和表面扩张，除蛋白素结合外，还能产生其它作用。第yi个非常有利的因素是，大量的氧气将被注入水中，从而促进-分解残留物。但这种作用也可以去除鱼缸内的-，工厂化循环水养殖系统，同时还会由于碳酸盐硬度降低而使 ph值升高。因为不同气体，即-和氧气的密集交换，使反应接触点部分的氧含量非常高，因此造成铁、钼、锰等主要微量元素在水面以外被氧化。另外，对单细胞虫黄藻的影响也很大，它被用来保存能使微量元素分解的凝胶所作用。
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由于蛋白分离器排出的净水富含丰富的氧气，仅含少量-、微量元素和-，因此，在使用蛋白分离器时，必须适当添加这些物质。但是，这也会带来一些特殊的困难，-是当蛋白质分离器必须额外依赖臭氧工作时，上述反应就会更-。
蛋白质分离器的高度效应：分离器的高度取决于停留时间和液流速度的大小。对于给定的处理过的水，液速的计算步骤如下：
(a)用气液比、水量计算所需气量；(b)用优气流速度和流量计算分离器截面积；(c)用水量、面积计算液体速度；(d)用气流速度、流量计算液体速度时，水流是否紊动，可相应增加气液比，重复上述计算。这可以确定隔板的高度。
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近几年来，工业化循环水养殖系统越来越受到人们的重视。这套系统的优势究竟在哪里？
型、健康型水产品：由于目前水源性污染-，因而造成了不少水产品不达标，循环水养殖可实现健康绿色。
减排、节水、节电、循环用水：实现节能减排，对于缺水地区来说是一种非常完i美的养殖方式。
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现在国外循环水养殖技术较为-的主要有北美的加拿大，美国，欧洲的法国，德国，西班牙，日本，以色列等。
美国的工厂化养殖在20世纪60年代和70年代在北美得到了迅速的发展。冷水虹鳟和大型工厂化养殖条纹鲈和黑斑-是主要的冷水养殖品种。
就亚洲而言，日本自1960年代发展工厂化养殖以来，也取得了-的成就，目前，工厂化养殖各类鱼虾贝类等鲜鱼产品年产量超过20万吨，且技术成熟，产量稳定。
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常规水产养殖中，随着鱼排泄物的积累，养殖水体中的氨氮浓度会增加，达到一定程度后，就会对鱼类产生毒性，影响鱼类的正常生长，所以对养殖水体来说，氨氮浓度是必i不可少的。与传统模式不同的是，瑞丰开发的鱼菜共生系统以模块化商业系统为代表，将水产动物养殖区、硝化矿化微生物区、蔬菜种植区等划分为多个功能区域，同时三大系统共享循环水，能有效提高蔬菜和鱼类产量的安全性，增加农产品附加价值。
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养殖系统中，鱼体投喂后所产生的粪便残饵可在水中转化成有害的氨、氮和-i酸盐。在微生物系统中，这些富氨通过硝化形成养分，室内循环水养殖系统，氨氮可分解为-i酸盐和硝i酸碱，到达植株的根部就可作为营养物质被吸收，经净化后的水循环回用到养殖系统中，这样循环王虎，循环周而复始。周期短而直接，除日照蒸发的水分需要及时补充外，水资源基本通过系统的自净功能形成一个循环，形成一个“养鱼不换水，种菜不施肥”的种养循环，实现养鱼-水质，蔬菜正常生长的生态共生效应，比传统方式节水80%-90%。
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