在种苗生产过程中重要的工作是水分管理。
尤其是四角和盘边的孔穴，一定要与中间的孔穴一样，基质不能装的过满，装满后各个格室应能清晰可见。
穴盘苗生产水分管理一般以子叶展开为分界线。
在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
育苗盘节省种子用量，降低生产成本。出苗整齐，保持植物种苗生长的一致性，能与各种手动及自动播种机配套使用，便于集中管理，提高工作效率。移栽时不损伤根系，育苗盘，缓苗迅速，成活率高。苗木长大后，就应开始使用控根快速育苗技术，移入控根快速育苗容器内，继续生长
基质至少要有5mm的---才会有重力作用，使基质中的水分渗下，50孔育苗盘，空气进入穴孔越深，含氧量就越多。穴孔形状以四方倒梯形为宜，这样有利于引导根系向下伸展，多肉育苗盘，而不是象圆形或侧面垂直的穴孔中那样根系在内壁缠绕。较深的穴孔为基质的排水和透气提供了更有利的条件。
苗盘入床：将已播种的育苗盘铺放在苗床中，及时用清水将苗盘浇透，浇水时喷洒要轻而匀，防止将孔的基质和种子冲出
苗期管理。移苗补缺：出苗后要及时将苗床上覆盖的地膜揭去，防止揭膜过迟而形成“高脚苗”。待子叶展开后就要立即进行间苗和移苗补缺，将单多余的苗拔起移入缺苗的空，同时将多余的苗删除
由于穴盘育苗采用工厂化化生产方式育苗，有利于推广优良品种，减少种子的---危害，有利于规范化科学管理，提高商品苗。
穴盘育苗在由填料、播种、催芽等过程中均可利用机械完成， 操作简单、快捷，适于规模化生产。
种子分播均匀，成苗率高，降低了种子成本。
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