播种：将种子点在压好穴的盘中，每穴一粒，避免漏播，发芽率偏低的种子每穴播2粒。
覆盖基质：播种后用蛭石覆盖穴盘，方法是将蛭石倒在穴盘上，用刮板从穴盘的一方刮向另一方，去掉多余的蛭石，覆盖蛭石不要过厚，与格室相平为宜。
育苗盘节省种子用量，降低生产成本。出苗整齐，保持植物种苗生长的一致性，能与各种手动及自动播种机配套使用，便于集中管理，育苗盘，提高工作效率。移栽时不损伤根系，缓苗迅速，成活率高。
播种后初次浇水：
两个选择方案：种子在苗床上萌发，要先浇少量的水，待穴盘全部移至苗床后，再浇一下次透水。若种子在催芽室或简易催芽空间草苫覆盖保湿后，那么在进入催芽室之前要浇透水。建议用雾化喷头或喷水细密的喷头。
节省育苗场地和降低成本。用穴盘播种，蔬菜育苗盘，让小苗在穴盘里生长，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；在育苗盘里播种，把籽苗移入穴盘，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；这样开始占地少，尤其适于在早春温度低时培育小苗，外界温度升高后再移入其他保护地培育成苗，可减少加温费用。如果不用较大的苗定植，可直接用穴盘苗栽培。
便于规范化操作。可以采用机器播种，花卉育苗盘，适宜工厂化大量育苗，省工、省力、，我国目前工厂化育苗都采用穴盘。
育苗穴盘的穴孔形状主要有方形和圆形，方形穴孔所含基质一般要比圆形穴孔多30%左右，辣椒育苗盘，水分分布亦较均匀，种苗根系发育充分
比如遇到以下状况，水只到穴孔一半比较合适：
天气由晴转阴、转冷，或者温室内湿度---高。水分蒸发较慢，蒸腾作用较低，穴盘不易变干。 2、穴孔下半部仍旧有一定湿度。
节省育苗场地和降低成本。用穴盘播种，让小苗在穴盘里生长，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；在育苗盘里播种，把籽苗移入穴盘，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；这样开始占地少，尤其适于在早春温度低时培育小苗，外界温度升高后再移入其他保护地培育成苗，可减少加温费用。如果不用较大的苗定植，可直接用穴盘苗栽培。
培育生长量较小的苗用穴盘，培育生长量较大的苗用育苗钵或在苗床开沟培育。穴盘苗小，抗性弱，大地条件---的不用穴盘苗。
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