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1886-1888年德国科学家赫尔里格尔h.hellriegal在砂培条件下证明，豆科植物只有形成根瘤菌才能固定---中的氮。1888年荷兰学者贝叶林克m.w.beijerinck分离了根瘤菌，这是微生物肥料方面的突破。现已明确那是根瘤菌的作用。这些菌的发现，促使了一家美国公司纳特尔公司于1898年生产和销售了土壤菌接种剂。自此以后，就有诸多的菌制剂用于土壤和农作物种子的拌种和包衣。

有机肥料无害化处理的堆、沤方法也很多，如em堆腐法、自制发酵催熟堆腐法和工厂化无害化处理等。

em是一种好氧和嫌氧有效微生物群，主要由光合菌、---、酵母菌和乳酸菌等组成，在农业和上有广泛的用途。它具有除臭、杀虫、杀菌、净化环境和促进植物生长等多种功能。用它处理人、畜粪便作堆肥，可以起到无害化作用。

市场上有一些有机肥料标注的氮、磷、钾含量可以达到15%左右，基本可以断定原料不是天然的有机物质或者添加了其他单质的氮、磷、钾养分。

  粪便与饼肥原料的有机肥成品密度小、手感轻、颜色浅、细腻程度较差，其中由于饼肥原料成本原因导致价格居高不下。 另外还有腐殖酸原料的有机肥。腐殖酸是一种天然的有机大分子化合物的混合物。