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柠檬酸的生产方式比较灵活，水果提取、化学合成、微生物发酵等都可有效生产，但微生物发酵是经济、安全的方式。在菌选择上也比较宽泛，黑曲霉、棒曲霉、文氏曲霉、芬曲霉、---二酸曲霉、橘青霉、解脂假丝酵母等众多菌都可采用，且对原料没有特殊依赖性，只要能通过微生物代谢产生柠檬酸即可，故柠檬酸的价格非常低廉，这也是其广泛应用的重要基础。

当表层土壤中的盐分含量太高或者超过作物能承受的---时，生长受阻，土壤盐渍化的危害就表现出来了。柠檬酸在盐碱化土壤上能够与土壤表面金属离子络合，能够有效降低离子浓度及其活性，是一种有效的络合。柠檬酸能够清洗滴管，喷灌系统，是一种优良的螯合剂。喷灌，滴灌系统长期使用内壁会产生沉淀，沉淀日积月累会堵塞滴孔，影响施肥---。柠檬酸能够溶解滴灌壁内的沉淀物质，起到清洗滴灌的功效。有效防止滴管堵塞。

发酵有固态发酵、液态浅盘发酵和深层发酵 3种方法。固态发酵是以薯干粉、淀粉粕以及含淀粉的农副产品为原料，配好培养基后，在常压下蒸煮，冷却至接种温度，接入种曲，装入曲盘，在一定温度和湿度条件下发酵。1923年美国菲泽公司建造了上家以黑曲霉浅柠檬酸粉盘发酵法生产柠檬酸的工厂。随后比利时、英国、 德国、苏联等相继研究成功发酵法生产柠檬酸。

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