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不同沉水植物分泌的化感物质对藻类的作用不同，从而影响浮游植物种类组成。研究发现，狐尾藻通过分泌化感物质抑制碱性磷酸酶活性，减少叶片表面磷的释放量，降低附着藻的磷元素来源，---附着藻的生长；水蕴草[elodea densa(planch.)casp.)和伊乐藻可以通过化感作用抑制附着蓝藻的生长，进而---附着藻生物膜的形成，促进叶片表面对光照和营养盐的吸收 。
其他作用
浮游植物不具有主动运动能力,通常需要借助风浪、水流等外力作用,而沉水植物可以减弱风浪对水体的扰动,使浮游植物失去漂浮的助力,加速其沉降。此外，沉水植物还可以影响浮游植物对光照的吸收,---其群落的发展。
有的研究认为菹草的适宜生长温度为10℃-20℃:陈洪达研究发现水温与菹草净产氧量呈曲线相关，水温为16℃左右，菹草净产氧量高，21℃时毛产氧量高。研究也表明水温为10℃-35℃时，菹草顶枝光合作用净产氧量、毛产氧量都与温度呈曲线相关，20℃附近菹草光合作用产氧量高，适宜的生长温度为15 ℃ -25 ℃。作者认为不同的结论和各人所使用的材料差异有关。 温度对沉水植物光合作用有---的影响。在不同的沉水植物中已发现与温度有关的光合速率存在着很大差异。
针对藻类引起的---影响，通常可以采用生物控制与物理通气、曝气等方法 。物理通气等方法可破坏藻类的垂直分布，增加水体co2，增大叶片与co2的接触面积，解除co2---。浮游动物也可实现对藻类的控制。在发生藻类水华时，可投放、接种浮游甲壳类动物如长溞、大型溞和方形网纹溞等进行控制 。
鱼类的影响
草食性、杂食性鱼类及底层鱼类会对沉水植物造成影响 。由于草食性鱼类食量大,每天摄食沉水植物的量甚至超过鱼自身的重量，当摄食强度超过沉水植物的再生能力时，会导致沉水植物-减少甚至消失。而控制草食性鱼类的生长，会促进沉水植物的生长。
在天然环境的湖泊中，湖泊水体清澈，太阳光照能够穿透水体到达沉水植物表面，为沉水植物初级生产力光合作用提供能量，而沉水植物光合作用能够为湖泊生态系统中的其他生命体提供氧气。因此，沉水植物在水生生态系统中发挥着重要的功能。它不仅能够为水体中生命有机体提供避难所以及食物，由于其生理结构特殊性，还能够消风减浪，抑制湖泊沉积物的再悬浮，降低悬浮颗粒物浓度，促进水体中磷的沉降，减少沉积物磷释放，---沉积物的特性，降低营养盐释放率，从而维持整个湖泊生态系统的稳定图1。
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