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单核苷酸多态性( snp )实验

snp (single nucleotide polymorphisn即单核苷酸多态性 ,是由于单个核苷酸改变而导致的---序列多态性(polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个snp ,无论是比较于度多态性(rflp)分析还是微标记(str) ,都要广泛得多。将pcr产物克long至载体后进行测序，可以提高测序成功率，这种方法称为bsp-ke隆测序法。

实验方法原理:

snp (single nucleotide polymorphisn即单核苷酸多态性,是由于单个核苷酸改变而导致的---序列多态性(polymorphism)。据估计,在人类基因组中,大约每千个碱基中有一个snp ,无论是比较于---性段长度多态性(rflp)分析还是微标记(str) ,都要广泛得多。snp是我们考察遗传变异的单位,据估计,人类的所有群体中大约存在一千万个snp位点。-般认为,相邻的snps倾向于一起遗传给后代。 于是,我们把位于染色体上某一区域的一组相关联的snp等位位点称作单体型( haplotype b大多数染色体区域只有少数几个常见的单体型(每个具有至少5%的频率),它们代表了一个群体中人与人之间的大部分多态性。-个染色体区域可以有很多snp位点,但是我们一-旦掌握了这个区域的单体型,就可以只使用少数几个标签snps(tagsnp)来进行基因分型,获取大部分的遗传多态模式。此外，illumina还捕获了未翻译的区域，这是nimblegen和安捷伦平台无法靶定的。

  全转录组测序 

全转录组是指特定组织或细胞在特定状态下所有转录产物的总和，包括mrna和各种noncoding rna。我们知道生物体本身的转录过程是一个动态变化且十分复杂的分子作用网络，如果只是对某个单一rna分子的研究，有时并不能准确的发现分子作用机制。而竞争性内源rna(cerna)理论阐述了一种全新的转录调控模式：cerna包括lncrna、circrna、mrna、假基因等分子能够通过mirna应答元件microrna respe element, mre竞争性地结合相同的mirna来调节彼此的表达水平。举个例子：mirna会导致基因沉默现象发生，而如果lncrna竞争性结合了mirna，从而影响了mirna基因沉默功能实现。研究人员还比较了同一样品的外显子组测序和全基因组测序wgs，显示外显子组测序能够检测到wgs错过的小变异。

      cerna是目前转录调控领域的---内容之一，通过全转录组研究能够系统性的阐述cerna的分子作用机制。目前对全转录组简便的方法就是构建2个测序-分别进行测序。标准的生物信息学分析能够得到mrna、lncrna、circrna、mirna各自的研究内容，靶向调控网络、cerna网络、共表达网络分析可以将这几种rna联合起来分析，从而发现新的调控网络模型。去除rrna的链特----，含有的rna信息含量十分丰富，通过测序和生物信息学分析能够得到mrna、lncrna、circrna的鉴定及注释信息。不过该-构建时会进行片段化选择从而滤掉了small rna的信息，所以需要另外再构建一个small rna-，进行测序分析后可以得到mirna和其他small rna的鉴定及注释信息。凝胶扫描及图像分析(1)图像扫描：凝胶染色后采用imagescanner以300dpi，16-bit模式65536灰阶进行扫描。全转录组测序方案路线图如下所示：