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研究分子筛的晶化机理即具有十分重要的理论意义，也对合成新型的沸石分子筛合成具有实际的指导意义。目前具有代表性的为固相转变机理solid hydrogel transformation mechanism、液相转变机理solution-mediated transport mechanism和双相转变机理这三种机理。结果表明，溶液硅gui铝比，溶液ph和结晶温度等因素对分子筛的合成有显着影响。

双相转变机理在人们对于沸石分子筛晶化究竟是通过液相转变机理还是通过固相转变机理争执不清时，八十年代之后，又有科学家提出了双相转变的机理。双向转变机理认为液相转变和固相转变同时存在沸石分子筛晶化过程中，既可以分别发生在两种晶化反应体系中，也可以同时发生在一个体系中。利用低硅g铝比的沸石分子筛如a型，x型等的极性亲水性，可以进行空气的干燥。

初始凝胶的配比往往能够决定终产物的类型。投料的反应物的不同会导致后的生成物的完全不同，如，阳离子不同可以导致分子筛产物的不同，钠离子容易导向lta、can、fau、gis等分子筛骨架的生成；而钾离子则容易导向ltl、cha、eri等类型的分子筛骨架。即使反应物相同只是反应物含量有微少的差别也极有可能得到不同的物相，如碱度对分子筛合成体系的影响。晶化时间不够常常会有大量的原料未转化，时间过长，往往会发生晶体转晶的现象，一般由比较空旷的结构转化为比较致密的结构。