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阴极和阳极之间的电压差必须非常高，一般在数千伏到3百万伏特之间。它能发射并形成速度均匀的电子束，所以加速电压的稳定度要求不低于万分之一。

样品可以稳定地放在样品架上，此外往往还有可以用来改变样品如移动、转动、加热、降温、拉长的装置。

在使用电子显微镜观察生物样品前样品必须被预先处理。随不同研究要求的需要科学家使用不同的处理方法。

1.固定：为了尽量保存样本的原样使用来硬化样本和使用来染色脂肪。

2.冷固定：将样本放在液态的中速冻，这样水不会结晶，而形成非晶体的冰。这样保存的样品损坏比较小，但图像的对比度非常低。

3.脱干：使用-和来取代水

4.垫入：样本被垫入后可以分割。

5.分割：将样本使用金刚石刃切成薄片。

6.染色：重的原子如铅或-比轻的原子散射电子的能力高，因此可被用来提高对比度。