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染色质免l疫共沉淀技术(chip)

基于体内分析而发展的染色质免l疫沉淀分析chr omat in immunoprecipitat ionassay kit, chip)技术可以真实、完整地反映结合在dna序列上的调控蛋白。由于chip采用甲醛固定活l细胞或者组织的方法，因此能比较真实的反映细胞内tf与promoter的结合情况，还可以用来研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系。elisa是一种结合抗原、抗ti特---反应和酶对底物高xiao催化作用的高敏感性免yi学实验技术。近年来,这种技术得到不断的发展和完善。采用结合微阵列技术在染色体基因表达调控区域检查染色体活性,是深入分析癌l症、心血l管病以及中央神经系统紊乱等---主要通路的一-种非常有效的工具。

染色质免l疫沉淀分析(chip) 的基本原理是在活l细胞状态下，当用甲醛处理时，相互靠近的蛋白与蛋白、蛋白与---(dna或rna)之间会产生共价键。细胞内，当f与promoter相互结合时，它们必然靠的比较近或者契合在一起，这个时候用甲醛处理，能使它们之间产生共价键。腺相关---包装原理腺相关---(adeno-asso---tedvirus,aav)是一类细小---,基铟组为单链dna,对分裂细胞和非分裂细胞均具有gan染能力。固定的蛋白质dna复合物通过超声或酶处理将其随机切断为-定长度范围内的染色质小片段然后通过抗原抗l体的特---识别反应沉淀此复合体，特---地富集目的蛋白结合的dnal片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与dna相互作用的信息。通过qpcr或二代测序，筛选与目的蛋白互作的未知dna信息。

18.引物是经过page纯化的，为什么还有碱基缺失或插入？

答：理论---析型page变性电泳，可以区分引物之间一个碱基的差别。但是制备page电泳，上样量都是非常大，电泳时的条带非常宽，带与带之间有重叠，分辨率已下降，电泳后割带回收目的引物时，很难说不割到差别仅几个碱基的引物。染色质免l疫沉淀分析(chip)的基本原理是在活l细胞状态下，当用甲醛处理时，相互靠近的蛋白与蛋白、蛋白与---(dna或rna)之间会产生共价键。国内有一个不好的现象，page纯化的引物，---是长引物要的量都比较高，导致割的条带有时可能比较宽。建议：您如果减少od数，引物遇到的问题可能就会少一些。

19. taqman 探针设计的基本原则是什么？

答：下列原则供您参考。

◆taqman 探针位置尽可能靠近扩增引物扩增产物50-150bp，但不能与引物重叠。

◆长度一般为18-40mer 。

◆g-c含量控制在40-80%左右。

◆避免连续相同碱基的出现，---是要避免gggg或更多g出现。

◆在引物的5端避免使用g。

◆选用比较多的碱基c。

◆退火温度tm控制在 68-70c   左右。

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20.primer设计的基本原则是什么？

答：引物设计的下列原则供您参考。

◆引物长度一般在18-35mer。

◆g-c含量控制在40-60%左右。

◆避免近3端有酶切位点或发夹结构。

◆如果可能避免在3端5个碱基有2个以上的g或c。

◆如果可能避免在3端1个碱基为a。

◆退火温度tm控制在 58-60c 左右。

◆如果是设计点突变引物，突变点应尽可能在引物的中间。

21.为什么引物的od260/od280小于1.5 ？

答：引物应该全是dna，但是od260/od280的比值为什么那么低，怎么会有蛋白质污染？基于此，str分析法已经成为一种重要的鉴定分析方法，应用于---学、qin子鉴定及细胞鉴定等领域。引物化学合成，哪里有机会污染到蛋白质？需要-的是od260/od280的比值不能用来衡量引物的纯度。od260/od280的比值过低一般是由于引物中c/t 的含量比较高所致。下表是一个20mer 同聚体引物的od260/od280的比值，清楚表明od260/od280的比值与引物的碱基组成密切相关。