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就是具有自动清洗程序的全自动-仪也有交叉污染，例如beckman 全自动-仪cx4，它的试剂针(probe)、样品吸样针及反应搅拌棒是利用高压冲洗洗液冲洗，然后用高压压缩空气吹干，有时由于洗液压力和压缩空气压力偏低，使试剂吸针、样品针及反应搅拌棒冲洗不干净、吹不干，从而导致反应池之间相互污染、试剂间交叉污染，是检验结果偏离。另一个值得注意的问题是许多生化仪器由于长期频繁的利用，使加样针和试剂针的磨损加重或的“特氟龙”吸头不及时更换，使吸样针或试剂针密封层增大，产生泄露现象也是造成样本间及实际间项目污染的一个重要原因。