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rna提取

1.弃去培养液，用pbs清洗两次1-2。

2.弃去pbs，用1000u1吸干净残余pbs。

3.加1ml trizol研磨b 41。

4. 1.5miep管标号与每孔相对应备用。

5.研磨好的溶液转移至对应的 ep管中国。

6.往每个ep管中加入250ul，剧烈震荡30s， 冰上静置12min[问l。

7. 所有样品4c离心，转速: 13500转1分钟，时间: 15min.

8. 再次标记一批同样编号ep管。

9.离心后吸上清液400u1移入相应编号的ep管中，再加入400ul异充

分混匀。4c冰箱35min。

10. 4c离心，转速: 13500转1分钟，时间: 10min.

11.弃去.上清液，加1m175%---，轻摇7]。

12. 4c离心，10600转/分钟，时间: 5min.

13. 弃上清液滤纸吸干。

14. 加depc水10ul溶解，-80c保存。进行逆转录前测浓度。

组织rna提取

1、剪米粒大小组织块放入ep管中标号。

2、ep管中加300ul trizol浸泡30分钟或更久。

3、用研磨棒研磨，以肉眼很难看到组织为宜。

4、加700u1 trizol静 置5分钟。

7.如何检测引物的纯度？

答：实验室方便的作法是用page方法。使用加有7m尿素的16%的聚---凝胶进行电泳。取0.2-0.5od的引物，用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和，上样前加热变性(95℃,2mins)。加入尿素的目的一是变性，二是增加样品比重，容易加样。大部分线粒体基因由于其母系遗传特性以及进化速率较快等特点，被广泛地用于种群遗传学、进化生物学、谱系地理学和系统发育学、---诊断等学科领域。600v电压进行电泳，一定时间后(约2-3小时)，剥胶，用荧光tlc板在紫外灯下检测带型，在主带之下没有杂带，说明纯度是好的。如果条件许可，也可以用eb 染色或银染方式染色。

而有的厂家提供maldi-tof质谱qc控制，从而保障了合成的准确率：

bioneer使用多重maldi-tof质谱仪进行全自动装载及监测。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。针对预测的靶蛋白结合rna的序列设计引物，做qpcr实验，验证预测的rna是否与靶蛋白有结合，或者将分离出来的rna做高通量测序，筛选到可能与靶蛋白结合的rna。bioneer是上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用maldi-tof质谱仪检测进行核苷酸qc检测的厂商，而且免费提供质谱数据。

8.如何计算引物的浓度？

答：引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情况下，建议将引物的浓度配制成50pmol/ul，加水的体积微升按下列方式计算：v (微升)= od数*乘33 *乘*乘20000 / (除) 引物的分子量。cerna是目前转录调控领域的---内容之一，通过全转录组研究能够系统性的阐述cerna的分子作用机制。引物的分子量可以从合成报告单上获得。如果需要配制成其他浓度，按上述公式换算。

注意：1 od260= 33 ug/ml.

22.同样的od用page检测，eb染色为什么深浅不一？

答：通常可以用eb染色的方法来判断双链dna的量(如质粒dna)，因为eb可以嵌合到双链dna中。而合成的单链dna，由于碱基组成不同，形成二级结构的可能性不同，eb的染色程度也会有差异，比如oligo(dt)等不形成二级结构，eb染色效果就非常差。所以不要用eb染色的方法来定量，而用紫外分光光度计检测。分子生物学检测服务随着生命科学和化学的不断发展，人们对生物体的认知已经逐渐深入到微观水平。同样道理，用eb染色来照片不适合所有引物。

23.引物不纯会有什么后果？

答：引物不纯可能会导致：1)非特---扩增；2)无法用预先设计在引物5′端酶切位点的酶切开，---是没有保护碱基的引物；3) 用于测序出现双峰或乱峰。解决办法重新合成或重新纯化。

24.已经溶解的引物，为什么原先使用正常，而过一段时间再使用就不好了？

答：如果溶解引物的水ph过低或污染了菌或---酶，会使引物降解。使用时没有充分解冻混合，液体不均匀也可能会造成引物加入量不准确。建议分装引物，避免反复冻溶。转录组测序转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的rna的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。建议使用10mmt ris ph7.5缓冲液溶解引物，因为有些蒸馏水的ph值比较低ph4-5, 引物在这种条件下不稳定。还有一种可能性是引物没有问题，而是pcr使用材料---是模板的与先前使用的不完全一致。