离子交换层析根据化合物的净电荷进行分离。带负电荷或正电荷的-团共价结合于固相载体基质，分别成为阳离子交换剂和阴离子交换剂。当一个带电荷的分子加入到带有相反电荷的交换剂时，金属亲和层析填料，它就会被吸附，同时，金属亲和层析填料采购，带相同电荷的离子和中性分子则被洗脱到层析柱的外水体积里。带电荷分子的结合是可逆的，通常可用盐或pｈ梯度洗脱吸附的分子。 离子交换层析可以有多种应用，包括分离和纯化生物分子，分离无机离子，试剂和水的去离子化，盐转换以及去除金属离子、化乙锭和ｓｄｓ。 化合物的分离策略。如果分子在ｐｈ高于其等电点时稳定，可使用阴离子交换树脂。如果分子在ｐｈ低于其等电点时稳定，则使用阳离子交换树脂。
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酸基团能与顺式二-结构作用，金属亲和层析填料价格，生成稳定的五元环络合物，分子被介质吸附；在酸性条件下络合被打开，分子从介质上解吸
附。硼酸亲和层析介质可以用于含有顺式二-化合物的分离纯化，如糖蛋白、核苷、核苷酸、糖类等的分离纯化。
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