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在扫描电镜中，入射电子束在样品上的扫描和显像管中电子束在荧光屏上的扫描是用一个共同的扫描发生器控制的。这样就了入射电子束的扫描和显像管中电子束的扫描完全同步，了样品上的“物点”与荧光屏上的“象点”在时间和空间上一一对应，称其为“同步扫描”。一般扫描图象是由近100万个与物点一一对应的图象单元构成的，正因为如此，才使得扫描电镜除能显示一般的形貌外，还能将样品局部范围内的化学元素、光、电、磁等性质的差异以二维图象形式显示。

还有一种新型的电子场发射式电子，由1个阴极和2个阳极构成，阳极上施加一稍低相对第2阳极的吸附电压，用以将阴极上面的自由电子吸引出来，而第2阳极上面的电压，将自由电子加速到的速度发射出电子束流。这需要电压和真空为工作条件，它工作时要求真空度达到107pa，植物组织电镜技术服务，热损耗，使用寿命可达2000 h；电子束斑的光点更为尖细，直径可达到10nm以下，较钨丝阴极大于10nm缩小了3个数量级；由于发光，它发出光斑的亮度能达到10 a/cm·s，较钨丝阴极106 a/cm·s 也提高了3个数量级。场发射式电子因技术、造价昂贵，只应用于高分辨电镜当中。

在观察中电子束长时间轰击生物医学样品标本，必会使样品污染或损伤。所以对有诊断分析价值的区域，若想长久地观察分析和反复使用电镜成像结果，应该尽快把它保留下来，将因为电子束轰击生物医学样品造成的污染或损伤降低到。此外，荧光屏上的粉质颗粒的解像力还不够高，尚不能充分反映出电镜成像的分辨本领。将影像记录存储在胶片上照相，便解决了这些问题。

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