蛋白质亚细胞定位的工具现在已经很了，但是基本的理论近年来没有重大突破，预测结果也需要实验验证。比较好的工具有proteome---yst (个人感觉较准的，但是有些蛋白预测不出来)，ptarget，wolfpsort，nucleo针对核定位，亚细胞定位公司，targetp。不同工具特性也不太一样。可以参考一下工具的发表时间和发表杂志的分量，然后把各种工具的结果综合一下。
亚细胞定位是指某种蛋白或某个基因表达产物在细胞内的具体存在部位，如在胞核，胞浆内，细胞膜或某一特定细胞器上存在。蛋白分布在不同细胞的不同部位，对蛋白的亚细胞定位分析有助于蛋白功能研究的初步判断。
亚细胞定位基本技术路线：
提供序列信息或质粒或菌株——亚细胞定位预测软件分析——植物过表达载体构建——转化农杆1菌——农杆1菌介导法浸染烟1草或者水稻——亚细胞定位——激光共---扫描
令人关注的是，大约一半的蛋白在1个以上的细胞区室中发现到，这揭示出一群相同的蛋白存在于细胞中的功能上不相关的部分。这一发现进一步阐明了细胞的复杂性
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