北京天演融智软件有限公司为您提供sequencher dna序列分析软件。sequencher dna序列分析软件是科学家们-的工具。持续发展和改进超过25年,sequencher提供了-的功能特征,成千上万的出版物都有相关的应用介绍。新手用户可以以少的时间投资产生结果,而有经验的用户会惊叹于功能的-和控制。sequencher自带各种专有算法,可以为sanger, next-gen sequencing (ngs)和rna-seq序列数据生成结果。
sequencher 5.4.6新功能
为dna序列分析提供了全新的和增强的功能。
sanger
sequencher connections中运行的 primer-blast发送引物序列到您的sequencher项目中。
在项目窗口中轻松使用一致性序列,作为ngs测序比对混合的参考序列。
新批量处理恢复结束命令。
在项目窗口中调整字体大小的功能。
ngs
gsnap和bwa-mem工作流更快。
构建gsnap数据库和bwa索引,这些索引可以被重新用于与整个基因组的对齐。
查看并保存用fastqc报告的ngs原始数据文件的分数和元数据。
使用samtools在您的ngs校准中标记变量来生成不同的调用文件(vcf)。
rna-seq
随着cuffquant和cuffnorm的添加,扩展了cufflinks套件的功能。
cuffdiff和 cuffnorm特殊的conditions&replicates编辑器。
使用自定义排序和筛选选项来增强rna-seq可视化功能。
使用增强的外部数据浏览器轻松管理所有的dna-seq和rna-seq项目。
sanger序列
sequencher使传统的序列装配变得容易,同时又能让您保持对序列的控制。精简数据差的序列。您甚至可以创建一个整洁的标准库,让一切变得更简单。通过直观的控制,您可以为数据选择jia算法,包括汇编到参考中。如果您正在处理来自不同来源的多个示例,可以通过名称来对它们进行自动装配。使用工具编辑数据-没有如此简单过,帮助您定位和处理模棱两可的问题,还可以检查杂合子并移动您的数据。使用-值帮助修整数据、检查和snp检测,以提高数据结果的。
序列编辑
sequencher提供一个dna序列编辑工具,您需要-这个序列是juedui正确的。您可以在一个序列中查看一次您的色谱数据或在正向和反向方向查看多个对齐的色谱图。
它可以快速、方便地滚动对齐的数据,或者可以使用sequencher的选择工具来-区域的差异或低。
序列整理
自动dna测序仪偶尔会产生差的读数,-是在测序引物位点附近和接近较长的序列运行的终点。来自dna库的---序列通常包含向量序列、polya尾或其他不相关的序列。内含子和引物序列经常位于外显子序列的两侧。除非通过裁剪删除,否则这些操作将会扭曲您的序列组件和下游序列分析。
sequencher提供了一些简单但功能-的工具,这些工具可以帮助您修整低或不明确的数据。
trim ends从序列片段的末端删除错误的数据。
trim vector删除序列特定的数据,这些数据损害了您的序列的末端。
trim to reference消除超出组件的参考序列的序列末端。
在执行修剪之前,序列分析器显示所建议修剪的图形表示,这允许您进一步细化您的标准。
如果您想还原修剪序列的两端或一端的基数,由于您的修剪过于严格,或您想提高覆盖率,b---h revert trim ends可以让您做到这一点。只要---几下,您就可以将储存的数据还原为几个或几千个序列,并且对您的序列进行-的控制。
序列组装
sequencher直观的控制允许您设置您的序列参数,并在几秒内调整这些参数,还支持用户快速准确地组装自定义的dna。sequencher会自动比较正向和反向补正的方向,以组装zuijia可能的重叠群,所以您可以根据方向排列dna序列。
sequencher通用装配工具应用如下
基因变异与参考序列的比较
确认向量构造
组装---和---基因组
从cdna库中集群数万个序列
将cdna组合成基因组序列
创建引物图
组装参考
参考序列功能-,它是测序和序列分析等的-功能。无论您是从事---学、系统研究、医学遗传学或人口研究,您都可能使用到参考序列功能。在genbank格式中导入一个序列,将其特性表应用到序列中,并将其标记为一个引用序列。组装到参考序列意味着您可以将您的阅读和原型参考序列进行比较。如果您使用来自不同来源的多个示例,您甚至还可以按名称装配来自动化您的工作。
您甚至可以使用参考序列来指导去除您感兴趣区域之外的序列或者填补序列覆盖的空白。
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