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在热、酸、碱、重金属盐、紫外线等作用下，蛋白质会发生性质上的改变而凝结起来．这种凝结是不可逆的，不能再使它们恢复成原来的蛋白质。蛋白质的这种变化叫做变性，蛋白---性之后，紫外吸收，化学活性以及粘度都会上升，变得容易水解，但溶解度会下降。

蛋白质可以跟许多试剂发生颜色反应。例如在鸡蛋白溶液中滴入浓，则鸡蛋白溶液呈黄色．这是由于蛋白质含---环结构与浓发生了颜色反应的缘故．还可以用双缩脲试剂对其进行检验，该试剂遇蛋白质生成紫色络合物。

在折叠的机制研究上早期的理论认为，折叠是从变性状态通过中间状态到天然状态的一个逐步的过程，并对折叠中间体进行了深入研究，认为折叠是在热力学驱动下按单一的途径进行的。后来的研究表明折叠过程存在实验可测的多种中间体，折叠通过有限的路径进行。

这一理论称为能量图景，漏斗下方的凹凸反映蛋白质构象瞬间进入局部自由能小区域。能量图景的示意图，高度代表能量尺度，宽度代表构象尺度，在漏斗funnel的下方存在别的低能量状态，共存的不同能量状态的蛋白质种类也降到小。

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