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在选用支原体pcr法检测来替代药典方法时,需要考虑如下两个方面:
首先一步是要使用符合欧洲药典要求,经过全方面验证的支原体检测试剂盒,第二部是自我验证,即确认所用的样本基质对于该试剂盒方法是合适的,并且操作过程是正确的。小规模的室内验证通常需要采用三个不同批次的试剂盒,然后加入10cfu的标准品,做复孔通常是8个复孔,并且至少选择3个支原体物种进行验证。
有的支原体标准品厂家会提供cfu与基因拷贝数的比值,以方便二者的换算。因为10cfu只能确定pcr能够达到的检测限在10cfu以下,但无法具体确定灵敏度的数值。带dna拷贝数标定的基因组dna标准品则可进一步确定检测限的数值。
总之,pcr方法很有用,但需要避免假阴性,验证时应使用阳性对照、阴性对照、无模板对照和内控对照,以---pcr反应正常,以及支原体少量存在时确实能检出来,支原体不存在时也---是结果阴性,从而使得pcr方法在工业应用时能---zui终结果的---。
dna提取试剂盒是根据氯化芐法构建的,能够从样本中提取基因组dna的试剂盒。氯化1苄具有能将含有纤维素等的细胞壁中的------化,从而破坏细胞壁的特性。本制品利用了氯化1苄的这一特性,将植物样品---融解后,再使用pipet tip的尖1端将植物样品在microtube壁上数次按压即可破坏细胞壁。本法与传统方法相比,省去了液氮研磨等烦琐步骤,有利于---处理大量样品。而且,本制品经过了改良,热处理时间只需15分钟,使用本制品从实验开始至水相回收只需30分钟时间。得到的基因组dna可以进行pcr扩增及---酶处理等。
dna提取试剂盒主要可以分为以下几大类:小量全血基因组dna提取试剂盒、中量全血基因组dna提取试剂盒、组织/细胞基因组dna提取试剂盒、中量/大量组织/细胞基因组dna提取试剂盒、全血/组织/细胞基因组dna提取试剂盒、ctab植物基因dna提取试剂盒、新型植物基因组dna提取试剂盒、酵母基因组dna提取试剂盒、m13噬菌体单链基因组dna提取试剂盒。
如何确认rna的
实时荧光定量pcr技术是通过测定rna的转录水平来评估基因的活力。rna样本提取的直接影响基因表达分析。影响rna品质的因素有以下三种:rna浓度、rna纯度和rna完整性。
检测rna浓度、纯度和完整性的方式主要有以下几种:
紫外分光光度计法:
测量260nm吸收值计算rna浓度,测量260nm/280nm吸收值的比值,用于评估rna纯度。需要注意的是:在检测-物质时应该在固定的ph溶液中进行。
260nm/280nm的比值范围在 1.9~2.1 之间。<1.9,说明有蛋白质残留;>2.1,说明rna可能发生降解。
琼脂糖凝胶电泳:
完整的rna通常有三条带,zui亮的是28s条带,其次是18s条带,zui淡的是5s条带部分试剂盒提取时会过滤掉5s条带。通过琼脂糖凝胶电泳可以检测28s和18s的比值。该方法主要用于检测rna的纯度和完整性。
如果28s和18s条带明亮、清晰、条带锐利,28s的亮度在18s条带的两倍以上,我们认为rna的zui好。
若rna条带出现弥散,原因可能:rna被-酶降解、电压或电流过大、上样量过高或过低等。
----提取就像针尖上跳舞
检验的首要一步是----提取,这也是zui危险的一步,需要在专门的生物安全二级实验室里进行。检测人员要在清洁区穿戴两套防护服、两副乳胶手套,戴护目镜,穿靴套,前后穿过6道门,才能到达---实验区,----提取就像是“针尖上的舞蹈”。“每次脱下防护服,衣服都湿透了。在2—4个小时的----提取实验过程中,一般都会安排两人一组进行检验,既是规定要求,也是防止工作人员在密闭的负压实验空间里出现意外。
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