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间接标记的方法中应用了报告分子标记的探针，报告分子通过亲和酶促的方法进行显色。常用的报告分子如地高6辛，生物素。结合地高6辛抗6体或链霉亲和素上耦联的酶系统进行间接的底物反应检测。地高6辛标记-的历史可追溯到1987年，由于地高6辛是洋地黄的花和叶中特有的成分，检测时使用的地高6辛抗6体不会结合于其他的生物分子。这是相较于生物素标记系统的优势。地高6辛抗6体上可耦联碱性磷酸酶、-化酶，及荧光分子和胶体金等，根据不同的应用需求，呈现高信噪比的-结果。但需注意，由于引入了免6疫检测反应，在放大检测灵敏度的同时，应注意样品内源性酶的灭活，以降低检测背景。

通过不同标记方法的联合应用，还可在同一样本中实现染色体不同区域或细胞样本中不同rna序列的多重检测。

杂交液中的阳离子浓度通过静电排斥作用影响了杂交体之间的链稳定性，较高的盐浓度将增加杂交体的稳定性。大于0.4m的na离子浓度，对tm值、双链复性速率的影响不大，但随着na离子浓度的降低，将-影响tm值和双链复性速率。

有2机溶2剂-胺的作用是降低dna-dna和dna-rna等双链体的解链温度。通常dna需要在0.1~0.2m na+ 90~100℃的条件下变性，那么应用于原位杂交，样品必须在65~75℃的条件下进-时间变性，这将导致样品形态学的破坏。50%-胺的应用能将杂交温度降至30~45℃。

-葡聚糖具有很强的水合性，高浓度的-葡聚糖会使得-分子无法获得周边亲水环境，增加了探针浓度，加快杂交反应速率。

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