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石蜡切片法优点是可以切2～3微米的知薄片，片子薄而均匀，无皱褶。石蜡切片组织固定较好，染道色后对组织结构的保存有优势。除此之外，石蜡包埋的组织块便于长期保存，因此石蜡切片仍是目前各种制片方法中、普遍的一种。

采用常规染色、特殊染色以及组织化学染色，可对不同着色的成分及反应物作形态定量测定；石蜡切片其优点是组织结构保存---，在病理和回顾性研究中有较大的实用价值，能切连续薄片，组织结构清晰，抗原定位准确。利用组织化学和原位杂交技术使---染色，再作形态定量测量。其次是要找出特征结构参数或定量指标，可先检测组织或细胞的各种可测参数或根据待测成分的形态特点设计一些参数，再用统计学方法筛选出有用的参数作定量测定。

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从操作步骤的繁琐程度看。染色过程冰冻切片简单，而石蜡切片要求脱蜡入水、抗原修复等过程，比较繁琐。总之，石蜡切片对标本的长期保存较合适，且组织细胞形态结构保持好；例如水稻、玉米、大豆、高粱、樱桃、辣椒、杏、李、百合、苹果、油菜。而冰冻切片适合对新鲜组织的制片，然后立即固定、染色效果较好，且荧光中可以相对避免石蜡自发荧光的干扰